Pedro Acosta começará a corrida a partir da pole position no GP do Japão de MotoGP. Esta é a primeira pole do novato na classe principal, após Marc Márquez perder o que teria sido um novo recorde de volta em Motegi devido a uma violação dos limites da pista nos momentos finais.
A Q2 em Motegi começou com leve chuva e a bandeira de chuva exibida. Com o risco de piora nas condições, era crucial para os pilotos estabelecerem uma boa volta logo no início.
Marc Márquez (Gresini/Ducati) inicialmente liderou, 0,127s à frente de Franco Morbidelli (Prima Pramac/Ducati), com Brad Binder (Red Bull KTM) em terceiro.
Márquez manteve a liderança, mas Acosta (Red Bull GasGas Tech3/KTM) subiu para segundo, com Jorge Martín (Prima Pramac/Ducati) em terceiro. No entanto, as coisas mudaram drasticamente nas voltas seguintes.
Acosta assumiu a primeira posição, com Enea Bastianini (Ducati) subindo para segundo, Marco Bezzecchi (Pertamina Enduro VR46/Ducati) em terceiro, e Márquez caindo para quarto à medida que as condições pareciam melhorar.
Após um início difícil, nos últimos quatro minutos, Franco Bagnaia (Ducati) disparou para as posições de destaque: primeiro tomou a segunda posição e, em seguida, assumiu a liderança. Mas logo depois, Márquez surpreendeu com um novo recorde de volta de 1m42.868s, apesar das condições desafiadoras.
Com menos de dois minutos restantes, Martín caiu enquanto estava em nono lugar, complicando suas chances nas corridas. Enquanto isso, Acosta subiu para segundo. Mas ainda havia uma reviravolta dramática por vir.
Justo quando parecia que Marc Márquez garantiria a pole position, sua volta recorde foi anulada devido a uma violação dos limites da pista, concedendo a pole position a Acosta pela primeira vez em sua carreira. Bagnaia terminou em segundo, 0,246s atrás, com Maverick Viñales (Aprilia) em terceiro, 0,423s atrás do ritmo. Márquez começará da nona posição, e Martín da 11ª.
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