イタリアグランプリのムジェロに向けて、現在MotoGP選手権のリーダーであるホルヘ・マルティンがポールポジションを獲得しました。この成果は、マルク・マルケスという強力な競争相手が、マルティンのタイムを上回る可能性のあるラップ中にクラッシュしたため、さらに重要なものとなりました。マルケスは最初、ペドロ・アコスタに続いてまずまずのタイムを出しましたが、2回目の試みでは不利な位置に陥りました。しかし、彼はミゲル・オリベイラをオーバーテイクする大胆な動きを見せ、残りのラップの参考のためにフランコ・モルビデリを追いかけようとしました。残念ながら、マルケスはスカーペリアでクラッシュし、ポールポジションを獲得するチャンスを失いました。マルティンの最初のラップタイム1分44.504秒は、2回目の試みで改善しなくてもポールポジションを確保するのに十分でした。
ペッコ・バニャイア、現チャンピオンも2回目の試みで改善できず、金曜日のセッション中にアレックス・マルケスを妨害したため、グリッドペナルティで5位からスタートします。しかし、バニャイアはスプリントレースでは2位からスタートすることになります。ペナルティはフルレースにのみ適用されるためです。アプリリアのマーベリック・ビニャーレスは、バニャイアに密接に続いて最初の試みで3番目のベストタイムを記録しました。彼は最後の方でタイムを改善しようとしましたが、結局はフロントローに位置するわずかに遅いタイムに落ち着きました。
マルク・マルケスはクラッシュにもかかわらず、マルティンとビニャーレスの後、バニャイアの前の3位からイタリアグランプリをスタートします。バニャイアのチームメイトであるエネア・バスティアニーニは5位を確保し、Q1でラップレコードを破ったフランコ・モルビデリは6位でフィニッシュしました。Q2で唯一のKTM/Gas Gas RC16ライダーであるペドロ・アコスタは7位で終えました。若きマルケスとアプリリアのアレイシ・エスパルガロが3列目を完成させます。
アレックス・リンスはヤマハチームを率いて10位を確保し、トラックハウス・アプリリアのミゲル・オリベイラとラウル・フェルナンデスが続きました。フェルナンデスはQ1でのパフォーマンスを維持していれば2列目に位置していたでしょう。ゲストライダーのポル・エスパルガロのクラッシュによりイエローフラッグが出され、ファビオ・ディ・ジャンアントニオのQ2進出のチャンスに影響を与えました。ディ・ジャンアントニオはグリッドで14位でフィニッシュしました。
ファビオ・クアルタラロは2台目のヤマハに乗り、15位からスタートします。ヤマハのパフォーマンスが向上し、自身の強いレースペースにもかかわらず、Q2進出をわずかに逃しました。クアルタラロのチームメイトであるマルコ・ベッゼッキは16位でフィニッシュし、ホンダのトップライダーとしてジョアン・ミルが続きました。ミルはクアルタラロからタイムリーなスリップストリームを受け、ザルコがホンダのトップライダーとして君臨していたストリークを終わらせました。
ジャック・ミラーは失望のパフォーマンスを見せ、2台目の公式KTMで19位でフィニッシュしました。彼のすぐ後ろにはテック3・ガスガスのアウグスト・フェルナンデスと、クラッシュにもかかわらずゲストライダーのエスパルガロが続きました。