リッカルド・ロッシが日本GPのMoto3 Q1セッションでリーダーとして浮上しました。その結果、イタリア人ライダーはもてぎでのポールポジション争いに進出する最後の4人のライダーの一人となりました。
最初のフライングラップの後、太陽ふるさと（ホンダ・チームアジア）がスコット・オグデン（ビジョントラック・レーシングチーム/ホンダ）、マリオ・アジ（ホンダ・チームアジア）、ホセ・アントニオ・ルエダ（レッドブル・KTMアホ）をリードしていました。しかし、いくつかのライダーは後に初めてのラップタイムを記録しました。
フィリッポ・ファリオリ（レッドブル・KTMテック3）が一時的に2位に浮上し、ルエダを予選ポジションから押し出しましたが、その後、2コーナーでハイサイドを喫しました。ジョエル・ケルソ（CFMotoレーシング・プルステルGP）は残り6分でふるさとを抜いて新リーダーとなりました。同時に、彼のチームメイトであるハビエル・アルティガスも3位に浮上しました。
ラップタイムの改善があったにもかかわらず、上位4人は変わらず、ケルソ、ふるさと、アルティガス、ファリオリがそのポジションを保持していました。
しかし、最後の2分でロッシ（SIC58スクアドラ・コルセ/ホンダ）が新リーダーとなり、ルエダが4位に上がりました。その結果、アルティガスは予選ゾーンから0.039秒の差で脱落しました。スタンディングはその後、終了まで変わることはなく、Q2の最後の4人の参加者はロッシ、ケルソ、ふるさと、ルエダとなりました。
結果：
