ハウメ・マシアは、Moto3日本グランプリの第3プラクティスセッションで最速のライダーでした。このセッションでは、ほぼすべてのライダーが茂木での週末のベストタイムを記録しました。
最初のフライングラップから、マシア（レオパード・レーシング/ホンダ）はリードを奪い、最初の10分間の間にさらに2回タイムを更新し、ほぼセッション全体にわたってリードを維持しました。
ダニエル・ホルガド（レッドブルKTMテック3）に一時的に抜かれましたが、マシアは最後の瞬間にトップの座を取り戻し、ラップタイム1:56.148でライバルを0.484秒差で下しました。デニズ・オンク（レッドブルKTMアホ）は3位を確保し、0.512秒遅れで、ディオゴ・モレイラ（MTヘルメット-MSi/KTM）とリュウセイ・ヤマナカ（ガビオタガスガス・アスパール）が続きました。
コリン・ヴェイジャー（リクイ・モリー・ハスクバーナ・インタクトGP）は、3つのプラクティスセッションの合計タイムシートで14位に入り、2回目の予選の最後の直接進出枠を確保しました。ジョエル・ケルソ（CFMotoレーシング・プルステルGP）は、わずか2千分の1秒差でこの目標を逃し、15番目のベストタイムでフィニッシュしました。
P3タイムシート：
合計順位 P1 + P2 + P3：
