マルク・マルケスとラウル・フェルナンデスがMotoGP日本GPの第二予選に進出しました。彼らは土曜日のQ1セッションで最速のライダーであり、四人のファクトリーライダーは進出できませんでした。
最初のフライングラップの後、先頭のライダーはマルケス（レプソルホンダ）とファビオ・クアルタラロ（モンスターエナジー・ヤマハ）で、アウグスト・フェルナンデス（ガスガス・テック3/KTM）が3位につけており、トップ2から0.372秒遅れています。
彼らの二回目の試みの後も状況は変わりませんでしたが、通常のピットストップの後、ラウル・フェルナンデス（クリプトデータRNF MotoGPチーム/アプリリア）が2位に上がり、クアルタラロを予選ゾーンから外しました。
セッションの終了時には、マルケスとラウル・フェルナンデスが上位2位を確保し、Q2への進出を果たしました。アウグスト・フェルナンデスはラップタイムを改善しましたが、3位でフィニッシュし、予選カットオフからわずか80ミリ秒遅れでした。
Q2に進出できなかった四人のファクトリーライダーは、クアルタラロ、ジョアン・ミル（レプソルホンダ）、フランコ・モルビデリ（モンスターエナジー・ヤマハ）、そして11位で最後になったミケーレ・ピッロ（ドゥカティ）です。
結果：
