モトGPインドネシアグランプリは、ホルヘ・マルティンがマンダリカでの最初のフリー走行セッションで優位にスタートしました。アプリリアがセッションのほとんどをリードしていましたが、最後にはスペイン人ライダーがペースを設定しました。
最初のフライングラップの後、ミゲル・オリベイラ（CryptoDATA RNF MotoGP Team/アプリリア）がリードを保持しました。ポルトガル人ライダーは2回目のアタックでタイムを更新できず、タイムシートは大きく変動し、マーベリック・ビニャーレス（アプリリア）がルカ・マリーニ（ムーニーVR46レーシングチーム/ドゥカティ）を抑えてリードを奪いました。
スペイン人ライダーがポジションを強化する一方で、イタリア人はファビオ・クアルタラロ（モンスターエナジー・ヤマハ）にオーバーテイクされました。クアルタラロはその後、最初の15分間でオリベイラとマルク・マルケス（レプソル・ホンダ）に順位を譲ることになりました。
一方、オリベイラはその後すぐにクラッシュし、ランキングが下がりましたが、マルティン（プリマ・プラマック/ドゥカティ）は2位に浮上し、クアルタラロとマルク・マルケスの前に出ました。#89のライダーはその後、ジャック・ミラー（レッドブル・KTM）に抜かれました。
ラップタイムは進展し続けましたが、誰もビニャーレスをリードから引きずり下ろすことはできませんでした… しかし、フランチェスコ・バニャイア（ドゥカティ）が残り15分で一時的にリードを奪いましたが、スペイン人ライダーは彼を0.5秒差で上回りました。その後、アプリリアは両ライダーを前方に配置し、アレイシ・エスパルガロが2位に達しました。
最終ラップで、マルティンはアプリリアライダーを抜き去り、1分31.811秒のラップタイムでセッションをリードしました。ビニャーレスは0.102秒遅れの2位、エスパルガロは0.536秒遅れの3位でフィニッシュしました。フランコ・モルビデリ（モンスターエナジー・ヤマハ）は最終ラップで4位に浮上し、マルコ・ベッゼッキ（ムーニーVR46レーシングチーム/ドゥカティ）を5位に relegated しました。
タイムシート：
