モト3サンマリノグランプリのポールポジションを争う最後の4人のライダーが決定しました。ダニエル・ホルガードがミサノでの予選の最初のフェーズで予選をリードしました。
ホルガード（レッドブルKTMテック3）は、最初のフライングラップからリードを保ち、マッテオ・ベルテッレ（リヴァコールドスナイパーズチーム/ホンダ）が最初は2位にいました。ハビエル・アルティガス（CFMotoレーシングプルステルGP）とダビッド・サルバドル（CIPグリーンパワー/KTM）もトップ4に入ったものの、後にリッカルド・ロッシ（SIC58スクアドラコルセ/ホンダ）に抜かれました。
終了3分前に、ホルガードはリードを固めました。最後の瞬間に、ジョエル・ケルソ（CFMotoレーシングプルステルGP）が2位に上昇し、アルティガスを予選ゾーンから押し出しました。ロッシはオーストラリア人を抜いて2位でフィニッシュし、ホルガードから0.436秒遅れました。早い段階でクラッシュしたダビッド・ムニョス（BOEモータースポーツ/KTM）は、4位を確保し、Q2への出場権を得ました。彼はベルテッレを0.036秒差で振り切りました。
結果：
