ファビオ・ディ・ジャンナントニオとエネア・バスティアニーニが、MotoGPマレーシアGPのポールポジション争いで最後の2つのスポットを確保しました。両者はセパンでの予選初期段階で最速でした。
最初のアタックラップの後、バスティアニーニ（ドゥカティ）とフランコ・モルビデリ（モンスターエナジー・ヤマハ）が1位と2位を占め、アレイシ・エスパルガロ（アプリリア）が3位にいました。ポル・エスパルガロ（ガスガス・テック3/KTM）は4位でしたが、2周目にクラッシュし、努力が遅れました。
ライダーたちがピットに戻ってこのQ1の最後の数分の準備をする前に、2回目のアタックでも順位は変わりませんでした。トラックに戻ると、アレイシ・エスパルガロがバスティアニーニを抜いてリードを奪い、モルビデリを予選ゾーンから押し出しました。
その後すぐに、ディ・ジャンナントニオ（グレシーニ/ドゥカティ）とバスティアニーニがアレイシ・エスパルガロを抜いて上位2位を獲得しました。スペイン人は3位に後退し、上位2位から0.158秒遅れ、さらにピットにいました。マルク・マルケス（レプソル・ホンダ）の遅れたクラッシュにより、まだ飛ばしているラップのライダーたちはタイムを改善できず、コースに留まりました。
6度のチャンピオンは20位からスタートします。これは、このQ1で9位に終わったオリベイラ（クリプトデータRNF MotoGPチーム/アプリリア）のすぐ後です。モルビデリやジョアン・ミル（レプソル・ホンダ）なども脱落し、それぞれ15位と16位からスタートします。
結果：
