Pour la cinquième fois cette saison, Iván Ortolá partira de la pole position en Moto3. Le pilote a été le plus rapide lors de la séance de qualification pour le GP du Japon, établissant un nouveau record de tour à Motegi avec un temps de 1m54.761s.
Collin Veijer (Liqui Moly Husqvarna Intact GP) a été le premier leader de Q1, suivi par David Alonso (CFMOTO Gaviota Aspar), qui était 0.304s plus lent lors des premiers tours. Joel Kelso (BOE Motorsports/KTM) était en troisième position.
Ortolá (MT Helmets-MSi/KTM) a été le prochain pilote à monter en tête du classement, reléguant Veijer à la deuxième place avec un écart de 0.387s, tandis qu’Alonso est tombé à la troisième place et Ángel Piqueras (Leopard Racing/Honda) est resté quatrième.
Dans les cinq dernières minutes, Ryusei Yamanaka (MT Helmets-MSi/KTM) a pris la troisième place et a brièvement occupé la deuxième avant que Veijer ne reprenne la position. Le Néerlandais a même réussi à prendre la tête dans la dernière minute.
Cependant, Ortolá a fait encore mieux, devenant le seul pilote à tourner en 1m54s (1m54.761s) pour sécuriser la pole position, battant Veijer de 0.356s. Alonso a obtenu la troisième place, à 0.409s derrière, tandis que son principal rival au championnat, Daniel Holgado (Red Bull GasGas Tech3), a été relégué à la neuvième place.
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