Zum fünften Mal in dieser Saison wird Iván Ortolá von der Pole-Position in Moto3 starten. Der Fahrer war der Schnellste in der Qualifikationssitzung für den Großen Preis von Japan und stellte mit einer Zeit von 1m54.761s einen neuen Rundenrekord in Motegi auf.
Collin Veijer (Liqui Moly Husqvarna Intact GP) war der erste Führende von Q1, gefolgt von David Alonso (CFMOTO Gaviota Aspar), der in den ersten Runden 0.304s langsamer war. Joel Kelso (BOE Motorsports/KTM) belegte den dritten Platz.
Ortolá (MT Helmets-MSi/KTM) war der nächste Fahrer, der an die Spitze der Wertung aufstieg und Veijer um 0.387s auf den zweiten Platz verwies, während Alonso auf den dritten Platz zurückfiel und Ángel Piqueras (Leopard Racing/Honda) auf dem vierten Platz blieb.
In den letzten fünf Minuten setzte sich Ryusei Yamanaka (MT Helmets-MSi/KTM) auf den dritten Platz und belegte kurzzeitig den zweiten Platz, bevor Veijer die Position zurückeroberte. Der Niederländer schaffte es sogar, in der letzten Minute die Führung zu übernehmen.
Ortolá machte jedoch noch bessere Leistungen und wurde der einzige Fahrer, der in 1m54s (1m54.761s) fuhr, um die Pole-Position zu sichern und Veijer um klare 0.356s zu schlagen. Alonso sicherte sich den dritten Platz, 0.409s dahinter, während sein größter Rivale im Meisterschaftsrennen, Daniel Holgado (Red Bull GasGas Tech3), auf den neunten Platz zurückfiel.
Ergebnisse: