マレーシアGPのMoto3でポールポジションを争う18人のライダーが決定しました。コリン・ヴェイジャー、ホセ・アントニオ・ルエダ、ハビエル・アルティガス、ビセンテ・ペレスがセパンのQ1を通過して4つのスポットを確保しました。
最初のフライングラップの後、ルエダ（レッドブルKTMアホ）、マリオ・アジ、太陽・古里（ホンダチームアジア）、ダビド・アロンソ（ガビオタ・ガスガス・アスパー）が2回目の予選に進むためのポジションを保持しました。アルティガス（CFMotoレーシング・プリュステルGP）は2回目のフライングラップで2位に上がり、その後ヴェイジャー（リキモリ・ハスクバーナ・インタクトGP）が先頭に立ちました。ペレス（BOEモータースポーツ/KTM）は4位を確保しました。
ヴェイジャーがラップタイムを改善しリードを強化したにもかかわらず、最後までさらなる変化はありませんでした。ヴェイジャー、ルエダ、アルティガス、ペレスが予選を通過し、アジは5位でフィニッシュしましたが、トップ4のわずか46千分の1秒差でした。Q1セッションは、ターン3でアロンソが大きなハイサイドを起こし、マーシャルの助けを必要とするという劇的な形で終了しました。
結果：
