ペドロ・アコスタはMotoGP日本GPのポールポジションからスタートします。これはルーキーにとってのプレミアクラスでの初めてのポールで、マルク・マルケスが最後の瞬間にトラックリミット違反により新しいモテギのラップレコードを逃した後のことです。
モテギでのQ2は軽い雨と共に始まり、雨旗が掲示されました。コンディションが悪化するリスクがある中、ライダーたちが早い段階で良いラップを設定することが重要でした。
マルケス（グレシーニ／ドゥカティ）が最初にリードし、フランコ・モルビデリ（プリマ・プラマック／ドゥカティ）に0.127秒差をつけ、ブラッド・ビンダー（レッドブル・KTM）が3位にいました。
マルケスはリードを保ちましたが、アコスタ（レッドブル・ガスガス・テック3／KTM）が2位に上がり、ホルヘ・マルティン（プリマ・プラマック／ドゥカティ）が3位にいました。しかし、その後のラップで状況が劇的に変化しました。
アコスタがトップに立ち、エネア・バスティアニーニ（ドゥカティ）が2位、マルコ・ベッゼッキ（ペルタミナ・エンデューロVR46／ドゥカティ）が3位に上がり、マルケスは4位に後退しました。コンディションが改善しているように見えました。
厳しいスタートを経て、最後の4分間でフランコ・バニャイア（ドゥカティ）がトップポジションに急上昇：まず2位に上がり、その後リードを奪いました。しかしその直後、マルケスが厳しいコンディションの中で新しいラップレコード1分42.868秒を叩き出し、驚かせました。
残り2分を切ったところで、マルティンが9位でクラッシュし、レースでのチャンスが難しくなりました。一方、アコスタは2位に上がりました。しかし、まだ一つの劇的な展開が待っていました。
マルク・マルケスがポールポジションを確保するかに思えた瞬間、彼の記録ラップはトラックリミット違反により削除され、アコスタがキャリア初のポールポジションを獲得しました。バニャイアは2位で、0.246秒遅れ、3位にはマーベリック・ビニャーレス（アプリリア）が0.423秒遅れで続きました。マルケスは9位からスタートし、マルティンは11位からスタートします。
結果:
